תלמידי החוג ילמדו מגוון נושאים העוסקים בציוויליזציות ימיות וסביבתן. תכנית הלימודים כוללת:
א. קורסי חובה
ב. קורסי בחירה
ג. סמינריונים
ד. סמינר חוגי
ה. הכשרה מעשית: שיטות מחקר ימיות או מעבדתיות, סיורים בחופי הארץ, הפלגה מחקרית בחופי הארץ, השתתפות במחקרי שדה, חפירות לימודיות ארכיאולוגיות

יש אפשרות לסיים את הלימודים ולקבל תעודת חופר חופי וימי המוכרת ע"י רשות העתיקות בישראל.

מסלול א' – (עם כתיבת עבודת גמר מחקרית) בהיקף של 36 שש"ס (לא כולל לימודי עזר והשלמות)

מסלול ב' – (חובת בחינת גמר), בהיקף של 36 שש"ס (לא כולל לימודי עזר והשלמות).
אפשרות למסלול ב': יום לימודים מרוכז במשך שנתיים.

.

לחוג לציוויליזציות ימיות יתקבלו תלמידים בעלי תואר ראשון (ב"א) לאחד משני מסלולי הלימודים המתקיימים בחוג:

מסלול א' (עם כתיבת עבודת גמר מחקרית) – בציון ממוצע של "טוב" (82 לפחות) בלימודי הב"א בכל אחד מחוגי הלימוד.
מסלול ב' (חובת בחינת גמר) – בציון ממוצע של "טוב" (76 לפחות) בלימודי הב"א בכל אחד מחוגי הלימוד.

• ראיון בפני ועדת קבלה של החוג.
• נדרשת ידיעת אנגלית ברמה טובה.
• מועמד בעל תואר ראשון ממוסד מוכר להשכלה גבוהה ששפת ההוראה בו אינה עברית, חייב לעמוד בבחינת ידע בעברית ברמה הנדרשת על – ידי האוניברסיטה במהלך לימודיו לתואר כתנאי לזכאותו לתואר.
• מועמדים בוגרי אוניברסיטאות מוכרות מחו"ל וכן בוגרי אוניברסיטאות בעלות שלוחות בישראל, אשר פועלות באישור המועצה להשכלה גבוהה, יחויבו לעמוד בהצלחה בבחינת ה- GRE, או בלימודי השלמה במסגרת התואר הראשון. פרטים נוספים על מבחן GRE ניתן למצוא בתקנון לימודי תואר שני.