בית הספר לארכיאולוגיה ולתרבויות ימיות הינו "שובר שוויון" בהוראה ובמחקר הארכיאולוגיה בישראל ומחוצה לה. בית הספר נמצא בחזית ההתפתחויות בארכיאולוגיה המודרנית, כולל מהפכת השימוש במדעים מדויקים ומדעי הטבע בלימוד העבר והצורך להתמודד עם אתגרי שימור מורשת התרבות החומרית. בית הספר כולל ארבע מחלקות: שתיים קיימות, המחלקה לארכיאולוגיה והמחלקה לציוויליזציות ימיות, ושתיים חדשות, המחלקה למדעי הארכיאולוגיה והמחלקה למורשת התרבות החומרית. שלוש מן המחלקות – ציוויליזציות ימיות, מדעי הארכיאולוגיה ומורשת התרבות החומרית – הינן ייחודיות בישראל, והאשכול של ארבע מחלקות העוסקות בכל תחומי הארכיאולוגיה, הינו ייחודי בישראל ועל הבמה הבינלאומית. כוחו של בית הספר וכוחו של כל אחד מן המחלקות נובע מן הסינרגיה בין מרכיבי בית הספר. סטודנטים במחלקה נתונה יוכלו לקחת קורסים מובילים מן המחלקות האחרות בבית הספר. בבית הספר לארכיאולוגיה ותרבויות ימיות נמצא הריכוז הגדול ביותר של ארכיאולוגים במוסד אקדמי בישראל והוא כולל תשתית ייחודית של מעבדות הוראה ומחקר. בראש בית הספר עומד פרופ' ישראל פינקלשטיין.
בית הספר לארכיאולוגיה ולתרבויות ימיות מנהל מגעים לשיתוף פעולה עם הטכניון בתחומי מדעי הארכיאולוגיה ושימור מורשת התרבות החומרית
המחלקה לארכיאולוגיה עוסקת בכל התקופות: הפרהיסטוריות (מחקר האדם הקדמון), הברונזה והברזל (כולל תקופת המקרא), הקלאסיות – ההלניסטית, הרומית והביזנטית (כולל ימי הבית השני, המשנה והתלמוד), ומאוחרות יותר – המוסלמית הקדומה וימי הביניים. דגש מיוחד ניתן לתרבויות חוף כגון הפיניקים וללימודי הסביבה הקדומה. המחלקה עוסקת בשני תחומים של מדעי הארכיאולוגיה — ארכיאו-זואולוגיה וארכיאו-מטלורגיה (מחקר מתכות קדומות), וכן בארכיאולוגיה מרחבית, שחזור מלאכות קדומות ותיאוריה ארכיאולוגית. חברי סגל המחלקה מנהלים חפירות באתרים בולטים בישראל, ביניהם מערות הכרמל, תל כברי, עיר הנמל דור, בית שערים, בניאס, שבטה בנגב ומבצר מונפורט. המחלקה מעניקה תארי בוגר, מוסמך ודוקטור. הלימודים הינם בעברית (כולל לימודי תעודה מקצועית בארכיאולוגיה של השדה המוכרת על ידי רשות העתיקות) וקיימת גם תכנית בינלאומית לתואר שני באנגלית.
המחלקה לציוויליזציות ימיות הינה חלוצה בישראל בשילוב של ארכיאולוגיה תת-ימית, ארכיאולוגיה של אתרי חוף, גיאו-ארכיאולוגיה והיסטוריה של הים התיכון. הלימודים והמחקר במחלקה עוסקים ביחסי האדם והים, סחר ימי, הגירה בים, מבנה ספינות ונמלים קדומים וענייני סביבה כגון שינויים במפלס פני הים. בין העבודות המתנהלות עתה ניתן לציין חקר כפרים ניאוליתיים שנמצאים היום מתחת לפני הים, מעגנים ומטענים מתקופות הברונזה והברזל, ונמלים וספינות טרופות מן התקופות ההלניסטית, הרומית, הביזנטית והמוסלמית קדומה. הלימודים במחלקה כוללים הכשרה בארכיאולוגיה תת-ימית. המחלקה מעניקה תארי מוסמך ודוקטור. הלימודים במחלקה מתנהלים בשני מסלולים – בעברית ובאנגלית.
המחלקה למורשת התרבות החומרית נבנתה על יסודות התכנית לשימור מורשת התרבות במחלקה לארכיאולוגיה, שכבר הכשירה עשרות תלמידים בתחומי השימור. כוחה של המחלקה נובע מן הסינרגיה עם מחלקות בית הספר האחרות העוסקות באתרי יבשה וים הדורשים שימור. בעתיד המחלקה תהנה משיתוף פעולה עם המחלקה למדעי הארכיאולוגיה. במחלקה, שתעניק תואר מוסמך, יהיו שני מסלולי לימוד – בשימור ובניהול מורשת התרבות החומרית. הלימודים יעסקו בנושאים כגון אתגרי פיתוח, שינויים בסביבה והשפעתם על אתרי מורשת, מוזיאולוגיה בארכיאולוגיה, ניהול אתרי מורשת ארכיאולוגיים והנגשת אתרי מורשת התרבות לציבור. תלמידי המחלקה יקבלו הכשרה מעשית (פרקטיקה) בשימור בשדה ובמעבדה כמו גם באוצרות ארכיאולוגית. הם יוכשרו לתפקידים בשימור ארכיאולוגי, אוצרות של ממצא ארכיאולוגי, ניהול אתרים ארכיאולוגים קולטי קהל וכד'. במחלקה ישנם מסלולי לימוד בעברית ובאנגלית.
המחלקה למדעי הארכיאולוגיה עוסקת בהוראה ומחקר ארכיאולוגי תוך שימוש בשיטות של המדעים המדוייקים ומדעי הטבע. תחומים כגון סביבה בעבר, שיטות תיארוך מתקדמות, טכנולוגיות עבר, דנ"א קדום וחקר שארים מולקולאריים פותחים צוהר להבנה רחבה ומורכבת של תרבויות האדם, כולל נושאי אקלים, הגירה וסחר בימי קדם. כבר עתה עוסקים חוקרים במחלקות הקיימות בתחומי הארכיאו-זואולוגיה, גיאו-ארכיאולוגיה וארכיאו-מטלורגיה (חקר מתכות). אליהם יצטרפו בזמן הקרוב חוקרים בתחומי הארכיאו-בוטניקה/סביבה, ביו-גיאוכימיה (חקר איזוטופים יציבים כמנוף ללימוד יחסי כלכלה וחברה וכן דיאטה וניידות של בני אדם ובעלי חיים במרחב), חומרים, וחקר שארים מולקולריים ששופך אור על נתיבי סחר קדומים. המחלקה מתוכננת להעניק תואר שני במדעי הטבע (MSc). הלימודים מתנהלים בשפה האנגלית בלבד.